Κύρια αποστολή του ΥΠΕΘΑ και των υπαγομένων σε αυτό Ενόπλων Δυνάμεων (Ε.Δ.) της χώρας (Στρατός Ξηράς, Πολεμικό Ναυτικό, Πολεμική Αεροπορία), είναι η προστασία της εδαφικής ακεραιότητας, της εθνικής ανεξαρτησίας και κυριαρχίας, η διασφάλιση της ασφάλειας των πολιτών έναντι κάθε εξωτερικής απειλής και η υποστήριξη των εθνικών συμφερόντων.

Στην αρχή του 21ου αιώνα, όπου το γεωστρατιωτικό περιβάλλον της Ελλάδας χαρακτηρίζεται από μεγάλη ρευστότητα, η χώρα πρέπει να αποτελεί σημαντικό παράγοντα σταθερότητας και ασφάλειας στην ευρύτερη περιοχή.

Η πολύπλευρη οργάνωση και η ανάπτυξη των Ενόπλων Δυνάμεων, ως θεμελιώδους παράγοντα εθνικής ισχύος και αποτελεσματικής δυνάμεως αποτροπής, μέσω αξιοκρατικών και νόμιμων διαδικασιών, που θα έχουν ως σκοπό τη μεγιστοποίηση του αξιόμαχου, με επίκεντρο πάντοτε το ανθρώπινο δυναμικό, αποτελεί τον πρωταρχικό σκοπό του Υπουργείου για τα επόμενα χρόνια.

Παράμετροι για την επίτευξη του σκοπού αυτού είναι η αναδιοργάνωση και η προσαρμογή των Ενόπλων Δυνάμεων στα σύγχρονα τεχνολογικά δεδομένα διεξαγωγής των επιχειρήσεων, η αποκατάσταση και η εδραίωση του κύρους τους, από την ηγεσία έως και τα κατώτερα στελέχη, η ουσιαστική αύξηση του αξιόμαχου, η διατήρηση υψηλού ηθικού και η έμπρακτη αναγνώριση από την πολιτεία της υψηλής τους αποστολής.

Παράλληλα το ΥΠΕΘΑ αναπτύσσει δραστηριότητες σε θέματα αμυντικής πολιτικής, εθνικού αμυντικού σχεδιασμού και προγραμματισμού, δομής των Ενόπλων Δυνάμεων, χειρισμού κρίσεων και αξιολόγησης πληροφοριών, σχέσεων με διεθνείς οργανισμούς, εκπαίδευσης και διαβίωσης του προσωπικού, υποδομής, εξοπλισμών, στρατολογίας, πληροφορικής, μετεωρολογίας και προσφοράς στο κοινωνικό σύνολο.